تعتبر قضية وضع قوات الدعم السريع أحد أهم نقاط الخلاف التي تعرقل التوصل إلى اتفاق نهائي في السودان، ويعد الدمج المستقبلي لهذه القوات مع الجيش من أبرز نقاط الخلاف بين الجانبين، حيث يريد الجيش تحديد فترة زمنية محددة لعملية الدمج وفق جداول زمنية واضحة، بينما تطالب قوات الدعم السريع بفترة زمنية تصل إلى عشر سنوات.
يقود الجيش السوداني رئيس مجلس السيادة الانتقالي، الفريق أول ركن/ عبد الفتاح البرهان، بينما يتولى نائبه في مجلس السيادة، الفريق أول/ محمد حمدان دقلو “حميدتي”، قيادة قوات الدعم السريع.
هناك أيضًا قضايا خلافية أخرى مثل وضعية قيادة القوات والتجنيد لقوات الدعم السريع والموقف من شركات الدعم السريع السابقة، وإصلاح الجيش وإبعاد أنصار النظام السابق عنه.
ويطالب الجيش بوقف التجنيد وفتح معسكرات جديدة لقوات الدعم السريع، والانتشار فقط بالتنسيق مع الفرق العسكرية وقيادة الجيش.
من المتوقع أن تشكل اللجنة الفنية المشتركة بين الدعم السريع والجيش هيئة قيادة تتكون من 4 قيادات بالجيش و2 من قيادات الدعم السريع. ويرى الجيش أن تكون هيئة القيادة تحت رئاسة القائد العام للجيش ورئيس مجلس الأمن، الفريق أول ركن/ عبد الفتاح البرهان، بينما يشدد الدعم السريع على ضرورة إضافة طرف سابع في هيئة القيادة .